BlackSite: Area 51

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Captain Aeran Pierce und der Rest seines Delta-Force- Echo-Teams werden 2003 zur Untersuchung eines vermeintlichen Waffenbunkers in den Irak entsandt . Begleitet werden sie von Dr. Noa Weis, der Leiterin eines Elite-Wissenschaftsteams. Nach Kämpfen gegen die irakische Armee stellen sie fest, dass der Bunker von mutierten Menschen und Tieren (gemeinsam als Xenos bezeichnet) befallen ist, die durch einen im Bunker gefundenen außerirdischen Kristall entstanden sind. Dieser Kristall setzt Pierce außer Gefecht und zwingt das Team zum Rückzug. Ein Mitglied des Teams, Lieutenant Logan Somers, bleibt beim Rückzug zurück.

Drei Jahre später hat eine schwer bewaffnete Miliz die Area 51 und das umliegende Gebiet unter ihre Kontrolle gebracht. Gleichzeitig brechen außerirdische Kreaturen aus, die denen im Irak gleichen. Das Echo-Team und Dr. Weis wurden ausgewählt, die Basis zurückzuerobern. Sie beginnen in der nahegelegenen Stadt Rachel, wo sie entdecken, dass die „Miliz“ in Wirklichkeit kybernetisch verbesserte amerikanische Soldaten sind, bekannt als Reborn. Das Echo-Team findet in Rachel Überlebende, und als sie diese retten, stoßen sie auf Lieutenant Somers, der nun selbst ein Reborn ist. Somers erklärt, dass das Reborn-Programm entwickelt wurde, um die Freiwilligenarmee der US-Bürger durch entbehrliche Supersoldaten zu ersetzen. Dafür wurden Probanden zwangsrekrutiert, die aus Gruppen stammten, die unbemerkt verschwinden konnten , wie Obdachlose, illegale Einwanderer und Militärangehörige ohne Familie. Aufgrund der grausamen Experimente führte einer von ihnen einen Aufstand an.

Zurück auf der Basis erfahren sie, dass Weis für das Reborn-Programm verantwortlich war, das jedoch vor Jahren eingestellt und die Soldaten in Area 51 eingeschlossen wurden. Somers führte die Reborn zur Flucht, um Rache zu üben, und nutzte dafür ein außerirdisches Gerät, dessen Kristall im Irak ein gestohlenes Bauteil war. Nachdem er als Anführer der Reborn entlarvt wurde, verrät Somers das Echo-Team und zieht sich in Area 51 zurück, während die Xenos und die Reborn die Basis angreifen. Das Echo-Team wehrt den Angriff erfolgreich ab und schließt sich anschließend einer anderen Militäreinheit bei einem Angriff auf Area 51 an. Während des Angriffs wird Pierce gefangen genommen und der Rest des Echo-Teams getötet.

In Area 51 entdeckt Pierce, dass die Xenos durch Sporen entstanden sind, die von dem außerirdischen Gerät freigesetzt wurden, und dass Somers dieses Gerät benutzt, um die Sporen auf der Erde zu verbreiten. Mit der Hilfe von Dr. Weis gelingt Pierce die Flucht, er deaktiviert das Gerät und tötet Somers in einem Feuergefecht. Das Spiel endet damit, dass Pierce und Weis mit einem Hubschrauber davonfliegen, um das Ausmaß der durch die Xenosporen verursachten Schäden zu begutachten.